正確使用微波爐的情況下，食物並不會產生毒素或殘留有害的放射性物質。

微波是電磁波的一種，頻率約為2.45 GHz，屬於非游離輻射能，能量較弱。微波是利用食物中含有許多極性分子(例如：水)，當微波接觸到食物時，食物中的水會因為電場方向不斷改變而以每秒約25億次的高頻率震動，使得分子和分子間不斷來回碰撞而彼此摩擦，因此產生熱能，使食物內外同時受到加熱，因而縮短烹調時間。
 

由於微波的能量非常低，釋放的能量僅足夠使極性分子產生旋轉、震動，無法改變其組成，所以微波只會使部分的水分因為熱能而蒸散，而不會造成食物本質的改變，便不會有毒素產生，也不會有放射性物質殘留的問題。

使用微波爐常見的狀況：

1. 食品過度密封，導致壓力不均而產生爆炸或噴濺，可在加熱時留小氣孔避免此危害；另外帶殼雞蛋水蒸氣聚集在蛋殼內，易受熱膨脹爆裂，因此不宜以微波爐加熱。
2. 容器材質選擇不佳，具有尖銳邊緣或薄片型的金屬，易產生電弧效應造成火花，可能會損壞爐內的微波產生器；塑膠和紙容器中蠟膜的耐熱溫度有限，應避免不耐熱的材質溶出化學物質，影響健康。
    

食藥署提醒，使用微波爐加熱食品時，要注意食品與容器中不可以有尖薄金屬的存在(錫箔紙也不行)，且若使用塑膠容器或保鮮膜時，應注意容器的耐熱溫度，避免塑膠中有害物質溶出。

【資料來源：衛生福利部食品藥物管理署】