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目前對於身心障礙鑑定時間，並無明確規範，需視申請鑑定的科別及內容而定，但醫院在完成鑑定報告後10日內，會將鑑定報告送達申請人戶籍所在地之直轄市、縣（市）衛生主管機關，該衛生主管機關接獲鑑定報告後，亦將在10日內核轉直轄市或縣（市）社政主管機關。
直轄市、縣（市）主管機關應於取得直轄市或縣（市）衛生主管機關核轉之鑑定報告後，將主動進行必要陪伴者優惠措施、復康巴士服務及行動不便資格的評估與判定，作業時間以15個工作天為限。
簡單來說，從鑑定報告完成到核發身心障礙證明，最長作業時間為35日。
身心障礙證明的申請方式分為兩種：方式1「一般流程」及方式2「併同辦理流程」。如果您選擇方式2「併同辦理流程」，必須配合公告指定醫院的門診時間與診次，不能指定特定醫師進行鑑定。如果您希望指定鑑定醫師，請您選擇方式1「一般流程」。身心障礙證明申請流程如下圖：
原圖出處：衛生福利部社會及家庭署身心障礙服務入口網
如果您目前領有身心障礙手冊且註記效期在104年7月10日以前，在醫療鑑定部分，您可以申請「重新鑑定」或「依原領身心障礙手冊，重新發給鑑定報告」兩種方式。申請「重新鑑定」方式，會由醫師鑑定身體結構及功能，鑑定人員進行活動參與及環境因素之鑑定，證明效期由醫師判定，最長5年。
申請「依原領身心障礙手冊，重新發給鑑定報告」方式，會由醫師進行依現有障別等級轉換，鑑定人員進行活動參與及環境因素之鑑定，證明效期由醫師判定，最長至104年7月10日。申請「依原領身心障礙手冊，重新發給 鑑定報告」以一次為限，證明屆期時，仍需辦理重新鑑定。鑑定流程如下圖：
原圖出處：衛生福利部社會及家庭署身心障礙服務入口網
- 身心障礙手冊申請、鑑定及補發所需資料
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電話諮詢服務一、內政部免付費福利諮詢專線：1957（手機或室內電話直撥，服務時間每日早上8點至晚上10點）二、各直轄市、縣（市）政府身心障礙鑑定與福利連繫窗口縣市 聯絡電話臺北市 (02)2568-2829分機221 傳真：(02)2568-1585新北市 (02)2960-3456分機2507 傳真：(02)2960-4672臺中市 (04)2228-9111分機38307 傳真：(04)2515-1805臺南市 (06)295-2978 傳真：(06)298-3202高雄市 (07)337-3079 傳真：(07)536-7303宜蘭縣 (03)932-8822分機364 傳真：(03)932-5004桃園縣 (03)3322101分機6326新竹縣 (03)551-8101分機3179 傳真：(03)553-2424苗栗縣 (037)559-993 (037)559-976 (037)559-076 傳真：(037)367-213彰化縣 (04)726-4150分機0813 (04)726-4150分機081傳真： (04)720-1556南投縣 (049)224-3985 傳真：(049)220-1921雲林縣 (05)552-2618嘉義縣 (05)362-0900分機2204 傳真：(05)362-0897屏東縣 (08)7320415分機5371、5372臺東縣 (089)340-720 (089)326-141分機289、290 傳真：(089)340-643花蓮縣 (03)8227171分機382～384 傳真：(03)823-5534澎湖縣 (06)927-4400分機533 傳真： (06)926-8918基隆市 (02)2420-1122分機2232 (02)2421-4141傳真： (02)2426-8133新竹市 (03)524-5559 傳真：(03)525-3026嘉義市 (05)222-0072傳真： (05)225-3551金門縣 (082)318-823分機2557連江縣 (0836)25022分機13、23 傳真：(0836)22995
[資料來源/行政院衛生署中央健康保險局]
